Recentissime indagini archeologiche negli ambienti del pianterreno hanno riportato alla luce precedenti stratificazioni, delle epoche romana e angioina, osservabili nelle sale attigue alla Cappella Palatina.

Il castello, oltre ad ospitare il Consiglio Comunale, è sede della Società Napoletana di Storia Patria e del Museo Civico

Giovanna II successe al fratello Ladislao e ascese al trono come ultima sovrana angioina. La regina, dipinta come una donna dissoluta, lussuriosa, sanguinaria, avrebbe ospitato nella sua alcova amanti di ogni genere ed estrazione sociale, addirittura rastrellati dai suoi emissari fra i giovani popolani di bell'aspetto. Per tutelare il suo buon nome, Giovanna non avrebbe esitato a disfarsi di loro appena soddisfatte le sue voglie. Proprio a questo proposito si è narrato per secoli che la regina disponesse, all'interno del castello, di una botola segreta: i suoi amanti, esaurito il loro compito, venivano gettati in questo pozzo e divorati da mostri marini. Secondo una leggenda sarebbe stato addirittura un coccodrillo, giunto dall'Africa fino ai sotterranei del castello dopo aver attraversato il Mediterraneo, l'artefice dell'orrenda morte degli amanti di Giovanna

La "Cannonata" sulla facciata del Catello che da sull'attuale Piazza Municipio in realtà non è un colpo di bombarda, ma risale al passato recente precisamente il 28 marzo del 1943, una delle pagine più dolorose della storia della nostra città per l’esplosione della famosa motonave da guerra, Caterina Costa, ormeggiata da qualche giorno nel porto, carica di materiale bellico destinato alle truppe italiane sul fronte africano. La possibilità di un possibile scoppio fu prima sottovalutata poi la situazione precipitò e ci furono gravi leggerezze, ritardi nei soccorsi, e totale incapacità nel dirigere le operazioni di spegnimento o di eventuale allontanamento della nave dal porto. La nave divenne così una santabarbara galleggiante, ancorata al porto, tra gli inutili tentativi di spegnere le fiamme, fino a quando: alle 17.39 l’incendio raggiunse la stiva numero due, quella degli esplosivi, e la "Caterina Costa" saltò in aria. La nave apparteneva all’armatore genovese Giacomo Costa, ma nel corso della seconda guerra mondiale fu requisita dalla regia Marina ed adibita al trasporto di rifornimenti bellici sulla tratta per l' Africa del nord e quel tragico 28 marzo si trovava ormeggiata nel porto di Napoli, dopo essere stata riparata in seguito ad un attacco aereo in Tunisia ed era stata caricata con decine di carrarmati, quasi 8000 quintali di carburante e oltre 1500 tonnellate di munizioni. La deflagrazione dello scoppio, avvenuto solo dopo che il terribile incendio risultato indomabile, raggiunse la stiva numero due, quella contenente gli esplosivi: l’intero molo, dove era ormeggiata la nave, sprofondò e Napoli fu come se fosse letteralmente bombardata di lamiere roventi. Un frammento della deflagrazione si è letteralmente schiantato sulla parete ovest del Castel Nuovo.